Xét nghiệm phân có thể cho biết mức độ nặng nhẹ của bệnh viêm đường ruột, mức độ nguy hiểm của các khối u ở ruột và cả nhận biết rõ vi khuẩn gây ra bệnh. Tiêu bản xét nghiệm phải lấy các mẫu niêm dịch hoặc phần bị mưng mủ máu xét nghiệm.
Xét nghiệm phân thường quy: nếu có tỷ lệ bạch cầu quá nhiều, đồng thời có thêm hồng cầu, cho thấy, bệnh viêm đường ruột ở mức độ tương đối nặng: nếu hồng cầu quá nhiều, cho thấy xuất huyết đường ruột. Vào mùa bệnh tiêu chảy hoặc ở khu vực đang bị tiêu chảy, các bác sĩ xét nghiệm còn phải tìm ea vi khuẩn Vibro cholera.
Xét nghiệm máu trong phân : nếu nhiều lần xét nghiệm máu trong phân cho kết quả dương tính, đặc biệt đối với những người thời gian gần đây nhất sụt cân rõ rệt, thì phải phòng ngừa bị ung thư đường ruột.
Xét nghiệm cấy phân : cho phân vào lọ để cấy, có thể sẽ phát hiện ra các vi khuẩn gây ra tiêu chảy, như lỵ trực khuẩn, vi khuẩn Escherichia coli, vi khuẩn Campylobacter jejuni, vi khuẩn Vibrio cholera.